Siikalatvan Keskuspuhdistamon prosessi on bioroottori jälkisaostuksella. Puhdistamon prosessiksi valittiin bioroottorilaitos pienempien käyttökustannuksien ja hyvän toimintavarmuuden vuoksi. Prosessi kestää paremmin jätevesien virtaamahuippuja kuin esim. aktiivilietelaitos. Prosessi koostuu seuraavista vaiheista:
- välppäys
- rasvanerotus
- hiekanerotus
- esiselkeytys
- bioroottorit
- kemikalointi
- jälkiselkeytys
- kosteikko
- sakokaivolietteen vastaanotto
- lietteen sakeutus
- lietteenkunnostus
- lietteen kuivaus ja kompostointi
Puhdistettu jätevesi ohjataan laitokselta viettoviemärin kautta luonnon suon reunaan, josta puhdistettu jätevesi ohjataan luonnon kosteikolle. Puhdistettu jätevesi ohjataan ensimmäiseksi n. 8 ha laajuiselle luonnonsuolle, jonka jälkeen puhdistettu jätevesi ohjataan n. 5 ha luonnon kosteikon läpi ja viimeiseksi puhdistettu jätevesi valuu n. 20 ha luonnontilaiseen lammikkoalueeseen. Luonnontilaisesta lammikkoalueesta puhdistettu jätevesi ohjataan ylivuotoputkien kautta laskevaan ojaan. Puhdistettu jätevesi menee n. 5 km matkan purkuojaa pitkin ja purkaantuu lopulta Siikajokeen.